Sử cũ cho biết Đôn có tài trù hoạch chỉ huy, cách xa ngàn dặm vẫn không chế tình hình, nhưng đối với bộ hạ gây rối thì ông lại không thể chỉnh đốn.[2]

Phòng Huyền Linh nhận xét: buổi đầu Lang Gia trấn Kiến Nghiệp, long đức còn ngầm, nhưng điềm Đương bích – Ưng đồ [lower-alpha 9] chưa rõ, công lớn lợi dày chưa trùm khắp lê dân. Vương Đôn từng làm quan trong triều, uy danh đủ nổi, nhìn khắp Hoài Hải [lower-alpha 10], mong muốn hơn nữa, bèn nhấc đỡ con cá ra khỏi chỗ nước sâu, ước hẹn kết nghĩa kim lan [lower-alpha 11], giúp rập vượt sông, phù tá trung hưng, kéo dài triều đại thêm 102 năm nữa, so sánh với sự nghiệp chia ba (ý nói Đông Ngô), công ấy cố nhiên không nhỏ vậy. Nhưng cậy công cao mà mưu trái lẽ, dựa thế mạnh mà quá kiêu căng. Hiềm khích khởi từ Điêu, Lưu, vạ nạn nên ở Tiền, Thẩm. Dấy binh địa phương, vây quân triều đình [lower-alpha 12]. Mắt ong đã lộ, tiếng sói lại vang, chuyên quyền việc nước, sát hại trung lương, còn muốn cướp đoạt ngôi vua, thay đổi triều đại [lower-alpha 13]. Nhờ tự quân (tức Minh đế) tài lược, ngôi Tấn còn dài, chư hầu tham gia, cận thần dốc sức [lower-alpha 14], dùng nhân tài làm nhiều suy tính [lower-alpha 15], diệt bọn hung ác, giữ được cơ nghiệp, làm trong sạch vận nước vậy! [2]

Ngu Thế Nam nhận xét: Tấn từ khi dời đô Giang Tả, cường thần lấn quyền, bó tay ngoảnh về nam, chánh lệnh không do mình. Vương Đôn nhờ dòng họ vững chãi, chiếm khu vực thượng lưu, cậy tài giữ đất, nảy ra ý muốn Vấn đỉnh, chẳng có sự mạnh mẽ của Minh đế, lòng trung thành của Vương Đạo, thì ngôi Tấn đã chuyển sang họ khác rồi.[26]